Hola Rafis
Yo empecé con OWD y AWD de PADI, seguí con FEDAS el B3E, el rescue, divemaster e Instructor con ACUC.
Cada una tiene sus ventajas e inconvenientes. Voy a darte mi opinión:
PADI es la más conocida internacional, pero es demasiado comercial. Cualquier problema lo tienes que solucionar en SUIZA.
FEDAS - CMAS es la que te servirá si te interesa estar federado en España para algún concurso o competición. Pero tienen muchos más cursos (primer nivel, segundo nivel, tercer nivel...)
ACUC es internacional, pero menos conocida que PADI, pero la central europea está en Madrid. Cualquier problema o consulta la solucionas en castellano.
No conozco de cerca otras asociaciones, pero hay muchas más.
Ninguna de ellas tiene una ventaja respecto a la otra, como dicen, dependerá de TUS situaciones.