El investigador Claudio Bonifacio, dedicado a la localización del patrimonio arqueológico submarino, esgrime una serie de documentos históricos del siglo XIX e incluso del Ministerio de Cultura portugués que sitúan el hundimiento de la fragata española Nuestra Señora de las Mercedes, de cuyo expolio acusa el Estado español a la compañía Odyssey Marine Exploration, lejos del lugar donde la empresa estadounidense declaró el hallazgo de los vestigios, que sí podrían pertenecer a los navíos Real Carlos y San Hermenegildo debido a su naufragio en estas aguas allá por 1801.
Claudio Bonifacio explica que las referencias aportadas por Odyssey Marine Exploration en cuanto al pecio rescatado en aguas de la Bahía de Cádiz, vestigios que la compañía cazatesoros atribuye al buque Black Swan, pero que el Ministerio de Cultura atribuye a Las Mercedes, no coinciden con el contenido de varios documentos históricos acerca del espacio en el que se libró la batalla.

Bonifacio dice que en abril de 2007 Odyssey Marine Exploration declaró el hallazgo ' a cien millas ' náuticas al oeste del peñón de Gibraltar, aunque ' a nivel de prensa ' aludieron a una distancia de ' 180 millas náuticas ' al oeste del Estrecho. Tal referencia ' no cuadra ' con varios documentos históricos mostrados por este investigador, en concreto el diario de navegación de Diego de Alvear y Ponce de León, quien participó en el combate entre las flotillas española y británica a bordo de la fragata Medea y que textualmente sitúa la trayectoria de la escuadra española ' a vista del Cabo de Santa María ' , en la costa del Algarve portugués. Así, el diario de navegación de Diego de Alvear y Ponce de León, una de cuyas copias obra en poder de Bonifacio, incluso alude al avistamiento del monte Figo, en el Algarve, y constituye uno de los relatos de los que se nutre el capitán de navío Cesáreo Fernández Duro para describir la batalla del Cabo de Santa María.

También aporta una carta del capitán de la fragata Fama, que sitúa la navegación de la escuadra española ' a distancia siete leguas ' de la costa portuguesa, que no se acercan a la posición aludida por Odyssey Marine. Todo ello lleva a Bonifacio a ' negar ' que el pecio rescatado por la empresa pertenezca a Las Mercedes, porque estos documentos aluden al avistamiento del Cabo de Santa María y tanto desde 100 millas náuticas al oeste de Gibraltar, como a 180, ' no se ve ' este saliente de tierra.