La arqueología submarina tiene como objetivo la investigación de las huellas que el hombre ha dejado bajo las aguas del mar en nuestro planeta, a fin de comprender mejor nuestra propia historia.
Los objetos encontrados en un ambiente acuático, sufren un proceso de degradación hasta llegar a un equilibrio con el medio. Por ello, cuando son extraídos, requieren de tratamientos de conservación muy especializados. Para evitar su degradación, o inclusive su desintegración, es necesario reproducir lo más cercanamente posible las condiciones en las que se encontraban bajo el agua, hasta liberarlos poco a poco de aquello que los afecta y garantizar así su preservación.
Debido a que la mayoría de los restos arqueológicos que se encuentran en medios acuáticos, suelen ser colonizados por diversos organismos. El papel de los biólogos es crucial para registrar la flora y la fauna existente en los sitios que se investigan.
El arqueólogo submarino, no solamente es un arqueólogo con equipo de buceo, requiere de un entrenamiento especial para trabajar con la misma precisión que en tierra, especialmente, para distinguir e interpretar los materiales que localiza. Además debe tener una preparación física y técnica especializada, ya que en cada salida al mar o a las aguas continentales, trabaja intensamente a lo largo de varias semanas.
En cada proyecto, además del arqueólogo que lo dirige, se necesita un responsable de las operaciones de buceo, debido a que la seguridad del grupo es vital.
Es indispensable realizar un registro arqueológico sistemático. Para ello se cuenta con brújulas, tablas para dibujo, cintas para medir, cámaras de fotografía y video, y algunos elementos más sofisticados como el GPS.